工程发票可以抵扣,作为增值税一般纳税人的施工单位，向一般纳税人的建设单位开具的增值税专用发票，建设单位可以抵扣增值税进项税额。工程发票，可以直接或通过折旧费，抵扣企业所得税应税收入。
分包人应先按照分包营业额在工程所在地申报纳税，由当地税务机关开具分包发票给分包人。总包人再持分包合同、分包发票等资料在工程所在地按照总包取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额申报纳税，经税务机关审核批准后，可以开具总包发票。
所以，有发票的可以凭票抵扣
分包分务分包和工程分包的定义(1)劳务分包。劳务分包虽然发展迅速，但是目前还没有法律或者法规对其作出明确的定义或者在具体的条文中进行规定。对劳务分包有相关规定只有：2001年的《建筑业企业资质管理规定》和2005年的《关于建立和完善劳务分包制度发展建筑劳务企业的意见》。《规定》将建筑业企业资质分为施工总承包、专业承包和劳务分包三个序列，表明劳务分包企业可以独立法人的资格自主的施工总承包企业承接劳务作业。《意见》明确规定所有建筑企业必须使用有相应资质的劳务分包企业完成劳务作业。从中可归纳出劳务分包就是总承包商或专业承包商按照法律规定，由具有相应资质的分包企业进行劳务作业施工的行为。劳务分包是分包的一种，在建设工程领域相对于专业分包二存在。有直接雇佣劳务、“包工头”施工队伍、建制的劳务分包企业、零散劳务用工四种形式。
(2)工程分包。《合同法》、《建筑法》中均对工程分包有明确的规定。指相对于总承包而言，施工总承包企业将承包的建设工程中的专业工程或者劳务作业发包给其他具有相应资质的建筑企业完成的行为。按照分包工程的内容可以分为专业分包和劳务分包，按照分包的方式可以分为一般分包和指定分包。分包是一种附条件的、具有从属性的民事法律行为，以总承包的成立为前提，分包商与业主之间不存在合同关系，分包工程不是整个工程项目，在未经业主同意的情况下，工程分包行为不成立，总承包商和工程分包商就分包工程承担连带责任，分包商不接受业主的直接管理行为。
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