滞留发票是指销货方对购货方开具增值税专用发票，而购货方由于种种原因在360日内未将专用发票认证及抵扣的增值税专用发票，由于金税工程全国联网，目前增值税发票只要一经防伪税控系统开出，而购货方未去认证则该发票就没有对应的抵扣信息，造成滞留。
造成滞留发票的原因主要有以下几方面：
1.属于购进免税货物用，专用发票不得认证;
2.属于购进非应税项目用，专用发票不得认证;
3.销货方未将专用发票交给购货方，造成存根联滞留;
4.购货方接到专用发票超过90日(自2010年1月1日改为180日)认证期而无法认证抵扣，造成存根联滞留;
5.购货方在小规模纳税人期间取得对方开具的专用发票不能抵扣;
6.购货方发生走逃或注销。
二、滞留发票的不利影响国税总局在2006年底专门发文要求各地税局检查滞留发票，2007年各地税局积极对滞留发票进行一张不漏的排查，要求存在滞留发票的每家公司必须对滞留的原因加以说明，同时对存在疑点的公司进行现场检查，发现部分公司存在不少滞留发票，主要是企业想偷漏税，做法是隐瞒销售收入同时隐瞒抵扣发票，使税负从表面上看与一般公司相符，这就造成很多该抵扣的发票不去税局抵扣，造成发票滞留。
三、解决滞留发票的建议由于增值税发票开具不去抵扣就会造成滞留，去抵扣又属于不能抵扣的范围，所以若取得不能抵扣的专用发票，一个途经是要销货方重新开具普通发票，另一个途经是把发票拿去认证抵扣，但同时做全额进项转出。
1、购货方购进属于免税货物用、非应税项目用，要求销货方开具普通发票。
2、购货方属于小规模纳税人期间，要求销货方开具普通发票。
3、购货方接到专用发票超过360日认证期而无法认证抵扣，购货方要自我检讨一下管理流程，应在360日内尽快认证。
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